La gare est fermée à la vente mais un nombre non négligeable de TERBesançon-Lons le Saunier et Dole-Pontarlier/Saint-Claude dessert la gare.
Elle voit également passer sans arrêt 3 à 4 trains grandes lignes de l’artère Strasbourg-Lyon Perrache, le TGVStrasbourg-Marseille, les 4 à 5 TGVLyria Paris Gare de Lyon-Lausanne/Berne et les 2 trains de nuitArtésia Paris Bercy-Turin/Venise et Rome.
ATER X 73500, AGCX 76500pour les relations Dijon-Dole-Mouchard-Andelot-Champagnole-Morez-St Claude.
ATER X 73500, Z2Z 9500, ZGCpour les relations Besançon Viotte-Mouchard-Lons le Saunier et Dole-Mouchard-Frasne-Pontarlier.
BB 25500 et des voitures TER Franche-Comté du dépot de Dijon-Perrigny assurant la relation Besançon-Lyon.
La ligne en provenance de Dijon/Dole est à voie unique, les lignes en provenance de Besançon et Mouchard a double voie. Toutes les lignes sont électrifiées en 25kV 50Hz.